De acuerdo con las declaraciones de Yida Chaviano Fernández, especialista del departamento de Análisis Físico-Químico de este centro, el recambio de Laguna larga con el mar está interrumpido en varios puntos por la construcción de hoteles sobre ella lo que influye en algunos parámetros como los bajos niveles de oxígeno y las variaciones en la salinidad que afectan su estado.

A partir del desarrollo del turismo experimentado en esta zona del norte avileño desde finales del pasado siglo VEINTE, la integridad de las lagunas costeras, y fundamentalmente Laguna Larga, se ha afectado debido a la eutrofización o aumento de los niveles de nutrientes a un ritmo que afecta la vida en el ecosistema, principalmente por la acción del hombre.

La presencia de este y otros estanques naturales dentro del archipiélago Jardines del Rey garantiza la estabilidad tanto de la flora como de la fauna, por lo que en el Centro de Investigaciones de Ecosistemas Costeros se priorizan los estudios sobre su estado funcional y estructural encaminados a su recuperación.